Synopsis : Lorsque les Covenants arrivent sur Reach, le Pillar of Autumn de l'UNSC s'échappe dans l'hyperespace, avec à bord le Spartan considéré comme le dernier survivant, ainsi que Cortana, une IA d'une importance vitale pour la survie de l'humanité. Cette fuite n'assure cependant pas leur sécurité, car les Covenants les ont suivis. Les deux factions arrivent sur Halo, un mystérieux anneau-monde abritant des secrets qui pourraient changer le cours de la guerre.

Tandis que le Master Chief et Cortana se lancent vers la surface de l'anneau, le capitaine du Pillar of Autumn de l'UNSC, Jacob Keyes, est fait prisonnier par les Covenants. Ils l'amènent au Truth and-Reconciliation, un cuirassé dans lequel le capitaine découvre la vérité sur le Halo et ce qui suscite tant d'intérêt de la part des Covenants.

Les forces de l'UNSC et de Covenants combattent pour le contrôle du Halo. Pendant cette lutte, les extraterrestres ouvrent des portes qui avaient été conçues pour demeurer verrouillées. C'est alors qu"ils libèrent sur l'anneau une force maléfique qui était confinée sous une forme dormante depuis plus de 100 000 ans... Le Master Chief doit trouver une solution avant qu'il ne soit trop tard.

Une fois que le Master Chief a récupéré l'Index selon les instructions de l'IA forerunner 343 Guilty Spark, Cortana lui explique l'objectif réel du Halo : l'anneau-monde est une arme d'une puissance extraordinaire et capable de détruire toute forme de vie de la galaxie. Le Master Chief et Cortana doivent désormais trouver un plan pour arrêter non seulement les Covenants, mais aussi le Parasite et les tentatives d'activation du Halo par Guilty Spark.

« Suite au succès du remake Halo : Anniversary, 343 Industries a maintenant débuté le développement de Halo 2 Anniversary ».